Salah satu pembahasan yang terpenting dalam kajian Metode Struktur dan Format Al Quran adalah struktur abjad (huruf hijaiyyah).
Struktur huruf menurut prespektif kajian ini merupakan representasi dari organ atau titik-titik (sub struktur) dalam tubuh manusia secara fisik namun lebih lengkap dan detil dibandingkan dengan struktur 'ain. Karena struktur 'ain hanya representasi dari organ-organ vital manusia.
Pada awalnya, pemaknaan masing-masing huruf menjadi sebuah representasi dari organ tertentu, memang menggunakan pendekatan mistis, tetapi kemudian dikembangkan dan diterapkan sehingga bersifat empiris.
Riwayat sejarah Hurur-Hurif Hijaiyyah : 1. Dari Abdurrahman bin Usman, dari Qasim bin Asbagh, dari Ahmad bin Zuhair, dari al Fadl bin Dakkin, dari Wail dari Jabir dari Amir dari Samurah bin Jundab, ia berkata: "Saya telah melakukan pengkajian terhadap asal muasal tulisan Arab. Saya temukan tulisan Arab telah ada dan digunakan suku Al Anbar sebelum suku Hiyarah mempergunakanya”.
2. Dari Ibnu Affan dari Qasim dari Ahmad dari az Zubair bin Bakkar, dari Ibrahim bin al Mundzir, dari Abdul Aziz bin lmran, dari Ibrahim bin Ismail bin Abi Hubaib dari Dawud bin Husain dari lkrimah dari Ibnu Abbas, ia berkata: "Orang yang pertama kali mengucapkan bahasa Arab dan membuat tulisan lafalnya adalah Ismail bin Ibrahim."
